La investigación del Instituto se organiza en torno a las siguientes líneas de investigación sobre Iberoamérica: 

Estudios culturales [L1]

Fortalecimiento Institucional, Estado de Derecho y Reforma del Estado [L2] 

Historia y procesos históricos [L3]

Migraciones [L4] 

Economía, Pobreza, Desarrollo y Cooperación [L5]  

Pueblos Indígenas [L6] 

Representación Política [L7] 

Cada línea está conformado por diferentes Grupos de investigación que integran a los miembros del Instituto.