El Instituto mantiene relaciones activas y permanentes con diferentes instituciones latinoamericanas entre las que se destacan la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), la Universidad Autónoma Metropolitana de México (UAM), la Universidad Nacional de San Martín de Argentina (UNSAM), la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (FLACSO) en sus sedes de Argentina, Chile, Ecuador, México, República Dominicana y España, la Universidad Estadual de Campinas de Brasil (UNICAMP), la Pontificia Universidad Católica de Quito de Ecuador, la Universidad de Costa Rica (UCR), la Universidad Federal de Minas Gerais de Brasil (UFMG), la Pontificia Universidad Católica de Perú (PUCP), la Pontificia Universidad Católica de Chile (UC), la Universidad Central de Venezuela (UCV), la Universidad Nacional de La Matanza de Argentina (UNLAM), el Instituto de Estudios Peruanos (IEP), la Fundación Global para el Desarrollo (FUNGLODE) de la República Dominicana, la Universidad de la República en Uruguay (UdelaR), la Universidad de Buenos Aires (UBA) y de Belgrano (UB) en Argentina, entre muchas otras.

Coordina, además, a las universidades que participan en la Red de Formación para el Liderazgo integrada por la Universidad de Columbia de Paraguay, la Universidad San Martin de Porres de Perú, la Universidad del Rosario y la del Valle de Colombia, la Universidad Santa María La Antigua de Panamá, la Universidad de Cuenca y la Escuela Superior Politécnica del Litoral de Ecuador.

Igualmente, el Instituto mantiene excelentes relaciones de colaboración, entre otros, con el Departamento de Relaciones Internacionales y Ciencia Política de la Universidad de Boston (Estados Unidos), el Departamento de Ciencia Política de la Universidad de Pittsburgh (Estados Unidos), la Universidad Autónoma de Nuevo León (México), el Kellogg Institute for International Studies de la Universidad de Notre Dame (Estados Unidos), el CIDOB de Barcelona, el Instituto de Estudios Políticos de Paris (Sciences-Po), Nuffield College de la Universidad de Oxford (Reino Unido), el Institute of Latin American Studies de la Universidad de Londres (Reino Unido), el Center of Latin American Studies de la Universidad de Stanford (Estados Unidos), el Institute of Latin American Studies de la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill (Estados Unidos), el Instituto Universitario y la Fundación Ortega-Marañón (España), el Centro de Investigaciones Sociológicas de España (CIS) y la Sede Iberoamericana de la Universidad Internacional de Andalucía en La Rábida (Huelva), la Organización de los Estados Americanos (OEA), la Entidad de la ONU para la Igualdad de Género y el Empoderamiento de la Mujer (ONU Mujeres), la Universidad de Lisboa (Portugal), la Universidad de Montréal (Canadá) y el Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), —tanto en su dimensión regional, como en Colombia, Panamá, Uruguay, Argentina y Nueva York—.
Con relación a su afiliación institucional, el Instituto es miembro del Consejo Español de Estudios Iberoamericanos (CEEIB), de la Asociación de Estudios Latinoamericanos (Latin American Studies Association, LASA); de la Red Eurolatinoamericana de Gobernabilidad para el Desarrollo (REDGOB); del Consejo Europeo de Investigaciones Sociales (CEISAL) —en el que forma parte del Comité Ejecutivo—; de la Red Española de Estudios de Desarrollo (REDEES); de la Asociación Latinoamericana de Ciencia Política (ALACIP), integrando a través de sus miembros la Comisión Ejecutiva; de la Red Iberoamericana de Estudios Internacionales (RIBEI); del Consejo Latinoamericano de Ciencias Sociales (CLACSO) y participa en la Red Iberoamericana de Docencia e Investigación en Derechos de la Infancia (REDidi). Forma parte, además, de la Red Académica Europea de CAF (https://www.caf.com/red-academica), integrada por la Unidad del Sur Global de la London School of Economics and Political Science, el Instituto de Estudios Sociales de la Universidad de Lisboa, el Instituto de Altos Estudios Latinoamericanos (IELAT) de la Universidad de Alcalá de Henares, el Centro Latinoamericano de la Universidad de Oxford, el Centre de Reserches Internacionales de Sciences Po (CERI) y el German Institute of Global and Area Studies (GIGA) de Hamburgo.

Para finalizar, el Instituto ha impulsado activamente a lo largo de los años la creación de Cátedras de estudios temáticas como es Cátedra ONU Mujeres para América Latina y el Caribe y de países, apoyadas por las Embajadas en España de los diferentes países y sus respectivos Ministerios de Educación y Exteriores como son la Cátedra de Estudios Argentinos Domingo Faustino Sarmiento, la Cátedra Colombia, la Cátedra Chile, la Cátedra Costa Rica y la Cátedra República Dominicana.